大量研究(包括一项覆盖欧洲7415名成年人的大型研究)证实,肥胖人群与正常体重人群的肠道菌群在多样性和组成上存在显著差异,这些差异是肥胖的重要特征之一:

肥胖人群的肠道菌群Alpha多样性(如Shannon指数)显著低于健康人群,且BMI每增加5kg/m²,香农指数就会显著下降。这意味着肥胖者的肠道微生物群落更单一,生态系统的稳定性更弱,应对外界干扰(如不良饮食)的能力也更强,更容易维持菌群失调状态。
以往认为厚壁菌门与拟杆菌门的比值(F:B)是肥胖的标志,但最新研究表明,这种比值并非绝对稳定,肥胖对菌群的影响远比简单的比例调整更复杂。但总体而言,肥胖人群中厚壁菌门、变形菌门的丰度较高,而拟杆菌门丰度较低;在菌属水平上,多里亚属、链球菌属、梭菌属、柯林斯氏菌属等促炎菌的检出率显著升高,而Akk菌、双歧杆菌、普拉梭杆菌等有益菌的丰度显著下降。
肥胖人群肠道菌群的功能代谢通路发生明显改变,与碳水化合物、脂质代谢相关的通路活性增强,而与短链脂肪酸生成相关的通路活性减弱,这种功能异常会进一步加剧能量代谢紊乱,推动肥胖发展。